农用微生物发酵即是指利用微生物，在适宜的条件下，将原料经过特定的代谢途径转化为农业需要的产物的过程。微生物发酵生产水平主要取决于菌种本身的遗传特性和培养条件。
农用微生物发酵即是指利用微生物，在适宜的条件下，将原料经过特定的代谢途径转化为农业需要的产物的过程。微生物发酵生产水平主要取决于菌种本身的遗传特性和培养条件。
发酵工程的应用范围医药工业，食品工业，能源工业，化学工业，农业：改造植物基因;生物固氮;工程杀虫菌生物农药;微生物养料。环境保护等方面。
目前生物有机肥的生产中通常使用活性强且耐高温、高渗、干旱等抗逆性较强的菌种，且在生产过程中要考虑各种菌剂之间的相互作用，不可随意混合。根据微生物在生产中的作用可分为发酵菌和功能菌。发酵菌多由复合菌系组成，具有促进物料分解、腐熟、除臭的功能，常用菌种有酵母菌、光合细菌、乳酸菌、放线菌、青霉、木霉、根霉等;功能菌是指能在产品中发挥特定的肥料效应的微生物，以固氮菌、溶磷菌、硅酸盐细菌等为主，在物料腐熟后加入。
生物有机肥的生产主要包括发酵菌促进物料腐熟过程、添加功能菌二次发酵过程和成品加工过程。通过发酵使物料完全腐熟是整个生产的关键环节，在发酵腐熟阶段，多数企业采用槽式堆置发酵法。水分、C/N 比、温度、pH、通风情况等过程参数直接影响物料腐熟的程度和发酵周期。待物料完全腐熟后，添加固氮菌、溶磷菌、解钾菌等复合功能菌群进行二次发酵， 通过控制发酵条件提高产品中的有益活菌数， 从而达到增强生物有机肥肥效的目的。发酵结束后，为了提高产品的商品性和保证产品中有益微生物的存活率， 成品加工多以圆盘造粒后低温烘干工艺为佳。
现阶段， 国内种植户施用生物有机肥的积极性不高，生物有机肥使用率相对较低，主要在蔬菜、水果、中草药、烟草等附加值较高的经济作物上应用。但随着人们消费水平和安全意识的提高， 对绿色有机农产品的需求日益增强， 生物有机肥将会成为农业生产的必然选择。
菌种是微生物发酵制品质量安全的基础。农业农村部高度重视饲用微生物菌种安全监管，对微生物饲料添加剂及发酵制品生产的菌种实行目录准入管理，经过安全评估和评审后，在《饲料添加剂品种目录》中列出了地衣芽孢杆菌等30多种允许使用的菌种名单。
用于直接饲喂和饲料发酵的菌种应为名单中所列菌种，名单以外的菌种应进行安全性和有效性评价，并通过全国饲料评审委员会评审后方可使用;采用发酵工艺生产微生物、酶制剂、氨基酸等饲料添加剂产品的，要明确其生产菌种并提供菌种种属证明。
为进一步规范菌种鉴定和安全性评价，农业农村部制定发布公告第226号，明确规定饲用微生物添加剂和生产饲料添加剂所用微生物菌种应进行菌株安全性评价，通过微生物表型试验、分子生物学试验和全基因组序列(WGS)分析，结合相关文献资料，对菌株的致病性、有毒代谢产物产生能力及抗菌药物耐药性等进行综合评价。
同时，农业农村部持续开展直接饲喂微生物、酶制剂、发酵饲料等微生物发酵制品的质量安全风险监测预警，对生产菌种的合规性以及致病性、耐药性、产毒性、代谢安全性等潜在风险进行监测分析，强化菌种安全风险隐患排查。农业农村部组织起草了《直接饲喂微生物和发酵制品生产菌株鉴定及其安全性评价指南》，正在征求意见阶段，下一步将按程序发布实施。
标准是微生物发酵制品生产、检验和质量评定的技术依据。近年来，农业农村部、市场监管总局先后制定发布了《微生物饲料添加剂通用要求》(GB/T 23181)、《饲料用酶制剂通则》(NY/T 722)、《饲料添加剂 饲用活性干酵母(酿酒酵母)》(GB/T 22547)、《饲料微生物添加剂 地衣芽孢杆菌》(NY/T 1461)、《饲用微生物制剂中枯草芽孢杆菌的检测》(GB/T 26428)等多项国家标准和农业行业标准，通过规定微生物发酵制品的通用技术要求、重点产品的质量要求，为有效提升微生物发酵制品质量安全水平提供了技术支撑。
农业农村部还充分发挥行业协会、产业联盟等社团组织的作用，支持相关社会团体制定了《发酵饲料技术通则》团体标准，通过行业自律促进行业健康有序发展。下一步，还将根据微生物发酵制品行业发展的实际需求，组织制定并发布实施相关国家标准、行业标准和团体标准，进一步完善标准体系。
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